好きなウェブサイトだけにVPNを使用し、他は通常通りIPのままにしたいです。VPSサーバーにWireGuardをインストールし、PCにWireguardクライアントを設定しています。どうすれば特定のサイトだけにVPNを使い、他は普通にインターネット接続を維持できますか？サーバー側に別のVPNを使った方が良いかもしれません。
私は “Browsec VPN - Chrome用無料VPN” アドオンがこれを実現しているのを見つけました。このアドオンを “Braveブラウザ” にインストールし、特定のウェブサイトやドメイン用に “スマート設定” → “スマート設定を編集” オプションを使ってブラウザを再起動します。選択したVPNの所在地は、そのドメインにアクセスしようとすると自動的に有効になります。これにより、指定されたドメインを開くタブだけに VPN が適用されます。別のページや検索結果からそのドメインにリダイレクトされても動作します。
これを最も簡単に解決する方法は、WireGuard に加えて tinyproxy などのHTTPプロキシを使うことだと思います。複数のVPSにHTTPプロキシとWireGuardを配置しており、Firefoxのマルチアカウントコンテナ（バージョン8.0.4）を使って、それぞれのコンテナに対応したHTTPプロキシサーバーを設定しています。
ちなみに、最新のアドオンのproxy設定に問題があったため古いバージョンのまま使用しています。今は修正されているかどうかはわかりません。
VPNにデフォルトルートを制御させないでください。VPNを使いたい特定のサイトだけのルートを追加してください。
なぜVPNにデフォルトルートの使用を許可しない方が良いのですか？
「デフォルト」の明白な意味は「通常通り」だとあなたの最初のコメントにあります。
VPNが新たにデフォルトルートを割り当てたり奪ったりすると、すべての通常通りのトラフィックがそちらに向かいます。あなたは特定のサイトにのみVPNを使用したいと述べているので、VPNの設定がデフォルトを変更しないようにし、特定のルートだけVPNを通じてルーティングするのが良いです。